Histopathology data for Sfr1

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #2 Skin [MA:0000151]
HET M #3 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Knee joint [MA:0000471]
HET M #3 Tibia [MA:0001361]
HET F #1 Trachea [MA:0000441]
HET M #3 Brain [MA:0000168]
HET M #4 Tibia [MA:0001361]
HET F #1 Ovary [MA:0000384]
HET M #3 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET F #2 Femur [MA:0001359]
HET M #3 Skin [MA:0000151]
HET F #1 Lymph node [MA:0000139]
HET F #2 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #2 Uterus [MA:0000389]
HET M #4 Small intestine [MA:0000337]
HET M #3 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Brain [MA:0000168]
HET F #2 Tibia [MA:0001361]
HET M #3 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #3 Ear [MA:0000236]
HET F #2 Esophagus [MA:0000352]
HET F #2 Bone [MA:0001459]
HET F #1 Kidney [MA:0000368]
HET F #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #1 Thymus [MA:0000142]
HET M #4 Ear [MA:0000236]
HET M #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #3 Esophagus [MA:0000352]
HET M #3 Femur [MA:0001359]
HET M #4 Femur [MA:0001359]
HET F #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #3 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Brain [MA:0000168]
HET F #1 Skin [MA:0000151]
HET F #2 Heart [MA:0000072]
HET M #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #3 Trachea [MA:0000441]
HET F #1 Large intestine [MA:0000333]
HET M #3 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #2 Stomach [MA:0000353]
HET M #3 Liver [MA:0000358]
HET F #1 Uterus [MA:0000389]
HET M #3 Spleen [MA:0000141]
HET M #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #1 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #1 Small intestine [MA:0000337]
HET M #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #3 Prostate gland [MA:0000404]
HET F #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Testis [MA:0000411]
HET F #1 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Tooth [MA:0000348]
HET M #3 Kidney [MA:0000368]
HET M #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #3 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Ear [MA:0000236]
HET M #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Epididymis [MA:0000397]
HET F #1 Femur [MA:0001359]
HET M #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #3 Thymus [MA:0000142]
HET F #2 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Stomach [MA:0000353]
HET F #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Eye [MA:0000261]
HET F #1 Heart [MA:0000072]
HET M #4 Eye [MA:0000261]
HET M #3 Tongue [MA:0000347]
HET F #2 Thyroid
HET M #3 Lung [MA:0000415]
HET F #1 Stomach [MA:0000353]
HET F #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #4 Large intestine [MA:0000333]
HET M #3 Large intestine [MA:0000333]
HET M #3 Testis [MA:0000411]
HET M #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #2 Lung [MA:0000415]
HET F #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #2 Tongue [MA:0000347]
HET M #3 Thyroid
HET F #2 Large intestine [MA:0000333] 1 0 Moderate chronic neutrophilic typhlitis with mucosal hyperplasia and submucosal edema
HET F #2 Kidney [MA:0000368]
HET M #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #2 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #2 Spleen [MA:0000141]
HET F #1 Liver [MA:0000358]
HET F #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #2 Sternum [MA:0001331] 1 0 Mild focally extensive
HET M #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Pancreas [MA:0000120] 1 0 Focal necrosis and hemorrhage with exocrine atrophy
HET F #1 Eye [MA:0000261]
HET F #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #3 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #1 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Heart [MA:0000072]
HET M #4 Esophagus [MA:0000352]
HET M #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Lung [MA:0000415] 1 0 Mild focal chronic neutrophilic bronchopneumonia with vascular intimal proliferation
HET F #2 Knee joint [MA:0000471]
HET M #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #3 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Tongue [MA:0000347]
HET M #3 Heart [MA:0000072]
HET M #4 Kidney [MA:0000368]
HET M #3 Stomach [MA:0000353]
HET F #1 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Spleen [MA:0000141]
HET F #2 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #1 Thyroid
HET F #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Thyroid
HET F #2 Ear [MA:0000236]
HET F #2 Lymph node [MA:0000139]
HET F #2 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #1 Bone [MA:0001459]
HET F #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #4 Knee joint [MA:0000471]
HET M #4 Skin [MA:0000151]
HET M #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Thymus [MA:0000142]
HET M #4 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #3 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #2 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Tongue [MA:0000347]
HET F #1 Esophagus [MA:0000352]
HET M #3 Eye [MA:0000261]
HET F #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #2 Brain [MA:0000168]
HET M #4 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Lymph node [MA:0000139]
HET M #3 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Thymus [MA:0000142]
HET F #2 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #4 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET F #1 Sternum [MA:0001331]
HET M #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #2 Ovary [MA:0000384]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter