Histopathology data for Paics

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #2 Ovary [MA:0000384]
HET F #3 Ovary [MA:0000384]
HET M #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #2 Thymus [MA:0000142]
HET M #4 Thyroid
HET F #3 Thymus [MA:0000142]
HET M #1 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #4 Spleen [MA:0000141]
HET F #2 Lymph node [MA:0000139]
HET F #3 Ear [MA:0000236]
HET F #3 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Tongue [MA:0000347]
HET M #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #2 Ear [MA:0000236]
HET F #3 Trachea [MA:0000441]
HET F #2 Knee joint [MA:0000471]
HET M #1 Thymus [MA:0000142]
HET F #3 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Kidney [MA:0000368]
HET M #4 Large intestine [MA:0000333]
HET M #1 Prostate gland [MA:0000404]
HET F #2 Sternum [MA:0001331]
HET M #1 Knee joint [MA:0000471]
HET F #3 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #3 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #3 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Bone [MA:0001459]
HET M #1 Bone [MA:0001459]
HET M #1 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Testis [MA:0000411]
HET F #3 Brain [MA:0000168]
HET M #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #3 Skin [MA:0000151]
HET M #4 Eye [MA:0000261]
HET F #2 Thyroid
HET M #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #2 Femur [MA:0001359]
HET F #3 Femur [MA:0001359]
HET F #3 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Liver [MA:0000358]
HET M #1 Pancreas [MA:0000120]
HET M #1 Trachea [MA:0000441]
HET F #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #3 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Tongue [MA:0000347]
HET F #3 Uterus [MA:0000389]
HET M #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #4 Stomach [MA:0000353]
HET F #2 Lung [MA:0000415]
HET F #3 Large intestine [MA:0000333]
HET F #2 Large intestine [MA:0000333]
HET F #2 Kidney [MA:0000368]
HET M #4 Ear [MA:0000236]
HET F #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #1 Femur [MA:0001359]
HET F #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #1 Skin [MA:0000151]
HET F #2 Liver [MA:0000358]
HET F #2 Spleen [MA:0000141]
HET F #2 Uterus [MA:0000389]
HET M #1 Brain [MA:0000168]
HET F #2 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #2 Brain [MA:0000168]
HET F #2 Small intestine [MA:0000337]
HET M #1 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Pancreas [MA:0000120]
HET F #2 Skin [MA:0000151]
HET M #1 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Eye [MA:0000261]
HET M #1 Large intestine [MA:0000333]
HET M #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #4 Femur [MA:0001359]
HET M #1 Tongue [MA:0000347]
HET M #1 Lung [MA:0000415]
HET F #2 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Stomach [MA:0000353]
HET F #2 Stomach [MA:0000353]
HET F #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Tibia [MA:0001361]
HET F #3 Eye [MA:0000261]
HET M #4 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET F #3 Liver [MA:0000358]
HET M #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #2 Esophagus [MA:0000352]
HET F #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #1 Stomach [MA:0000353]
HET M #4 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Small intestine [MA:0000337]
HET M #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #1 Thyroid
HET F #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Pancreas [MA:0000120]
HET M #4 Liver [MA:0000358]
HET M #1 Kidney [MA:0000368]
HET M #4 Brain [MA:0000168]
HET M #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Skin [MA:0000151]
HET F #3 Pancreas [MA:0000120]
HET M #4 Thymus [MA:0000142]
HET M #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #3 Thyroid
HET M #4 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #1 Sternum [MA:0001331]
HET F #2 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #2 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Epididymis [MA:0000397]
HET M #1 Esophagus [MA:0000352]
HET M #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #4 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #3 Tongue [MA:0000347]
HET F #3 Lung [MA:0000415]
HET F #2 Tibia [MA:0001361]
HET F #3 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Knee joint [MA:0000471]
HET F #3 Kidney [MA:0000368]
HET M #4 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #1 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Eye [MA:0000261]
HET F #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #4 Esophagus [MA:0000352]
HET F #3 Sternum [MA:0001331]
HET F #3 Esophagus [MA:0000352]
HET M #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #3 Bone [MA:0001459]
HET M #1 Testis [MA:0000411]
HET M #1 Heart [MA:0000072]
HET M #4 Sternum [MA:0001331]
HET F #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Bone [MA:0001459]
HET M #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #1 Tibia [MA:0001361]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter