Histopathology data for Ssr1

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET M #3 Esophagus [MA:0000352]
HET M #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #2 Tibia [MA:0001361]
HET F #2 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #3 Trachea [MA:0000441]
HET F #2 Liver [MA:0000358]
HET M #1 Kidney [MA:0000368]
HET M #1 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #1 Femur [MA:0001359]
HET F #4 Femur [MA:0001359]
HET M #1 Epididymis [MA:0000397]
HET F #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #4 Ovary [MA:0000384]
HET M #3 Brain [MA:0000168]
HET F #4 Kidney [MA:0000368]
HET M #1 Sternum [MA:0001331]
HET M #3 Ear [MA:0000236]
HET M #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #2 Thymus [MA:0000142]
HET F #4 Spleen [MA:0000141]
HET F #4 Sternum [MA:0001331]
HET F #2 Femur [MA:0001359]
HET M #3 Thyroid
HET M #3 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #3 Prostate gland [MA:0000404]
HET F #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #2 Pancreas [MA:0000120]
HET M #3 Bone [MA:0001459]
HET M #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #3 Skin [MA:0000151]
HET M #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #1 Stomach [MA:0000353]
HET M #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #4 Large intestine [MA:0000333]
HET M #1 Small intestine [MA:0000337]
HET M #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #3 Eye [MA:0000261] 2 0 Eye, bilateral: Mild to moderate, multifocal retinal dysplasia with rosette formation
HET M #1 Heart [MA:0000072]
HET M #1 Brain [MA:0000168]
HET F #4 Tongue [MA:0000347]
HET M #3 Sternum [MA:0001331]
HET M #1 Ear [MA:0000236]
HET F #2 Sternum [MA:0001331]
HET F #4 Uterus [MA:0000389]
HET M #1 Lung [MA:0000415]
HET F #2 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Knee joint [MA:0000471]
HET M #1 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #3 Stomach [MA:0000353]
HET M #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #3 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #3 Large intestine [MA:0000333]
HET F #4 Tibia [MA:0001361]
HET M #1 Liver [MA:0000358]
HET M #3 Knee joint [MA:0000471]
HET M #1 Esophagus [MA:0000352]
HET F #4 Esophagus [MA:0000352]
HET F #2 Lung [MA:0000415]
HET M #1 Large intestine [MA:0000333]
HET M #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #4 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, paracortical and follicular lymphoid hyperplasia
HET M #3 Lung [MA:0000415]
HET F #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #4 Small intestine [MA:0000337]
HET F #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #3 Liver [MA:0000358]
HET M #3 Heart [MA:0000072]
HET F #2 Stomach [MA:0000353]
HET F #4 Brain [MA:0000168]
HET F #2 Trachea [MA:0000441]
HET F #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #2 Esophagus [MA:0000352]
HET F #2 Skin [MA:0000151]
HET F #2 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #3 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Eye [MA:0000261] 1 0 Eye, unilateral: Mild, multifocal retinal dysplasia
HET F #2 Uterus [MA:0000389] 1 0 Uterus: Mild, diffuse, stromal edema
HET F #2 Heart [MA:0000072]
HET M #1 Bone [MA:0001459]
HET F #4 Bone [MA:0001459]
HET F #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #2 Thyroid
HET M #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #4 Eye [MA:0000261]
HET M #1 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, paracortical and follicular lymphoid hyperplasia
HET F #2 Ear [MA:0000236]
HET F #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #1 Testis [MA:0000411]
HET M #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #1 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Knee joint [MA:0000471]
HET F #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #3 Thymus [MA:0000142]
HET M #3 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET F #2 Large intestine [MA:0000333]
HET M #1 Trachea [MA:0000441]
HET M #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #3 Femur [MA:0001359]
HET F #4 Thyroid
HET M #3 Epididymis [MA:0000397]
HET M #3 Pancreas [MA:0000120]
HET M #3 Spleen [MA:0000141] 1 0 Spleen: Extramedullary hematopoiesis, mild increase
HET F #4 Ear [MA:0000236]
HET F #2 Kidney [MA:0000368]
HET M #1 Tongue [MA:0000347]
HET F #4 Lung [MA:0000415]
HET F #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #4 Skin [MA:0000151]
HET M #3 Testis [MA:0000411]
HET F #2 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #1 Skin [MA:0000151]
HET F #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #2 Ovary [MA:0000384]
HET F #4 Pancreas [MA:0000120]
HET M #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #1 Pancreas [MA:0000120]
HET F #2 Spleen [MA:0000141]
HET M #1 Thymus [MA:0000142]
HET M #1 Tibia [MA:0001361]
HET F #4 Thymus [MA:0000142]
HET F #4 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #2 Bone [MA:0001459]
HET M #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #4 Heart [MA:0000072]
HET F #4 Liver [MA:0000358]
HET M #3 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #3 Tongue [MA:0000347]
HET M #1 Spleen [MA:0000141]
HET M #1 Eye [MA:0000261]
HET F #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #4 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Tongue [MA:0000347]
HET F #4 Trachea [MA:0000441]
HET M #3 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, paracortical and follicular lymphoid hyperplasia
HET F #4 Knee joint [MA:0000471]
HET F #4 Stomach [MA:0000353]
HET M #3 Tibia [MA:0001361]
HET F #2 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, follicular lymphoid hyperplasia
HET F #2 Brain [MA:0000168]
HET M #1 Thyroid
HET F #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #3 Kidney [MA:0000368]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter