Histopathology data for Six1

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #1 Skin [MA:0000151]
HET M #7 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #7 Brain [MA:0000168]
HET F #5 Large intestine [MA:0000333]
HET M #7 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Stomach [MA:0000353] 1 0 mucosal hyperplasia and hyalinosis at limiting ridge
HET F #3 Lung [MA:0000415]
HET M #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #7 Tongue [MA:0000347]
HET M #6 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #1 Ear [MA:0000236]
HET F #5 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #2 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Uterus [MA:0000389]
HET M #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #3 Tongue [MA:0000347]
HET M #7 Esophagus [MA:0000352]
HET F #3 Heart [MA:0000072]
HET M #6 Testis [MA:0000411]
HET F #3 Sternum [MA:0001331]
HET M #7 Sternum [MA:0001331]
HET M #6 Tongue [MA:0000347]
HET M #6 Lymph node [MA:0000139]
HET F #5 Ear [MA:0000236]
HET M #7 Spleen [MA:0000141]
HET F #1 Eye [MA:0000261]
HET M #6 Lung [MA:0000415]
HET M #7 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Large intestine [MA:0000333]
HET F #1 Thyroid
HET F #3 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #2 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Thymus [MA:0000142]
HET M #7 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #6 Knee joint [MA:0000471]
HET M #2 Tibia [MA:0001361]
HET F #5 Eye [MA:0000261]
HET F #1 Knee joint [MA:0000471]
HET M #2 Large intestine [MA:0000333]
HET M #4 Lymph node [MA:0000139]
HET F #5 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #3 Lymph node [MA:0000139]
HET M #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #3 Ovary [MA:0000384]
HET M #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #6 Thymus [MA:0000142]
HET F #5 Femur [MA:0001359]
HET F #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #5 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #4 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #5 Skin [MA:0000151]
HET F #3 Kidney [MA:0000368]
HET F #3 Esophagus [MA:0000352]
HET M #6 Brain [MA:0000168]
HET M #4 Tongue [MA:0000347]
HET M #7 Kidney [MA:0000368]
HET M #2 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #6 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #5 Thymus [MA:0000142]
HET M #7 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #7 Lymph node [MA:0000139]
HET F #5 Knee joint [MA:0000471]
HET M #6 Ear [MA:0000236]
HET M #6 Large intestine [MA:0000333]
HET F #3 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #5 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Tibia [MA:0001361]
HET F #3 Brain [MA:0000168]
HET M #2 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #6 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #6 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #3 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Thymus [MA:0000142]
HET F #5 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Liver [MA:0000358]
HET M #6 Liver [MA:0000358]
HET M #2 Eye [MA:0000261]
HET F #3 Liver [MA:0000358]
HET M #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #2 Trachea [MA:0000441]
HET M #2 Lymph node [MA:0000139]
HET F #3 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #3 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #7 Testis [MA:0000411]
HET M #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #7 Thymus [MA:0000142]
HET M #6 Skin [MA:0000151]
HET F #5 Liver [MA:0000358]
HET M #7 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #2 Lung [MA:0000415]
HET M #2 Ear [MA:0000236]
HET M #7 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #4 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #4 Femur [MA:0001359]
HET M #4 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Esophagus [MA:0000352]
HET F #5 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #3 Gall bladder [MA:0000356] 1 0 mucosal hyperplasia with hyalinosis
HET F #3 Femur [MA:0001359]
HET F #1 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #3 Thyroid
HET M #6 Bone [MA:0001459]
HET M #2 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #2 Spleen [MA:0000141]
HET M #2 Tooth [MA:0000348] 1 0 mild neutrophilic periodontitis
HET M #6 Eye [MA:0000261]
HET F #5 Esophagus [MA:0000352]
HET F #1 Spleen [MA:0000141]
HET M #2 Stomach [MA:0000353]
HET F #5 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #2 Knee joint [MA:0000471]
HET F #5 Lymph node [MA:0000139]
HET F #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #5 Uterus [MA:0000389]
HET M #4 Heart [MA:0000072]
HET M #6 Heart [MA:0000072]
HET M #6 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #7 Tooth [MA:0000348]
HET F #5 Bone [MA:0001459]
HET M #2 Skin [MA:0000151]
HET M #7 Stomach [MA:0000353]
HET M #7 Knee joint [MA:0000471]
HET M #6 Esophagus [MA:0000352]
HET M #7 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #2 Thymus [MA:0000142]
HET F #5 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #4 Liver [MA:0000358]
HET F #1 Lymph node [MA:0000139]
HET M #7 Trachea [MA:0000441]
HET M #6 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #4 Testis [MA:0000411]
HET M #7 Ear [MA:0000236]
HET F #5 Stomach [MA:0000353]
HET M #6 Spleen [MA:0000141]
HET F #5 Sternum [MA:0001331]
HET M #7 Prostate gland [MA:0000404]
HET F #1 Brain [MA:0000168]
HET F #1 Heart [MA:0000072]
HET M #7 Skin [MA:0000151]
HET F #1 Esophagus [MA:0000352]
HET F #3 Uterus [MA:0000389] 1 0 cystic endometrial hyperplasia
HET F #5 Kidney [MA:0000368]
HET M #6 Thyroid
HET M #4 Knee joint [MA:0000471]
HET F #5 Lung [MA:0000415]
HET F #3 Skin [MA:0000151]
HET F #5 Tongue [MA:0000347]
HET F #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #5 Heart [MA:0000072]
HET M #6 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #7 Eye [MA:0000261]
HET M #7 Large intestine [MA:0000333]
HET F #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #7 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #6 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Sternum [MA:0001331]
HET M #6 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #7 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #2 Kidney [MA:0000368]
HET F #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Bone [MA:0001459]
HET F #5 Spleen [MA:0000141]
HET M #6 Kidney [MA:0000368]
HET M #7 Thyroid
HET F #3 Ear [MA:0000236]
HET F #3 Large intestine [MA:0000333]
HET M #6 Trachea [MA:0000441]
HET F #5 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Eye [MA:0000261]
HET M #2 Testis [MA:0000411]
HET F #5 Trachea [MA:0000441]
HET M #7 Bone [MA:0001459]
HET F #3 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Thyroid
HET M #7 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #6 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #6 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Trachea [MA:0000441]
HET M #2 Brain [MA:0000168]
HET F #1 Stomach [MA:0000353]
HET F #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #7 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #5 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #7 Small intestine [MA:0000337]
HET M #4 Kidney [MA:0000368]
HET M #7 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #6 Femur [MA:0001359]
HET F #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #1 Lung [MA:0000415]
HET M #2 Esophagus [MA:0000352]
HET F #3 Small intestine [MA:0000337]
HET M #2 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Large intestine [MA:0000333]
HET F #1 Small intestine [MA:0000337]
HET M #2 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Stomach [MA:0000353]
HET M #7 Pancreas [MA:0000120]
HET M #6 Tooth [MA:0000348]
HET F #1 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Spleen [MA:0000141]
HET F #1 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #5 Pancreas [MA:0000120]
HET F #3 Thymus [MA:0000142]
HET M #6 Pancreas [MA:0000120]
HET M #7 Tibia [MA:0001361]
HET M #7 Liver [MA:0000358]
HET M #2 Thyroid
HET M #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Brain [MA:0000168]
HET M #2 Tongue [MA:0000347]
HET M #6 Epididymis [MA:0000397]
HET M #2 Heart [MA:0000072]
HET F #1 Pancreas [MA:0000120]
HET F #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #1 Femur [MA:0001359]
HET M #4 Skin [MA:0000151]
HET F #5 Thyroid
HET M #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #5 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #5 Tibia [MA:0001361]
HET F #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #6 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET F #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #6 Stomach [MA:0000353]
HET M #6 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #6 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #2 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #1 Ovary [MA:0000384]
HET F #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #3 Trachea [MA:0000441]
HET M #7 Femur [MA:0001359]
HET F #1 Kidney [MA:0000368]
HET F #3 Eye [MA:0000261]
HET M #7 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Trachea [MA:0000441]
HET M #7 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #5 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #5 Brain [MA:0000168]
HET M #4 Ear [MA:0000236]
HET F #3 Tooth [MA:0000348]
HET F #5 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #5 Ovary [MA:0000384]
HET F #5 Small intestine [MA:0000337]
HET M #2 Femur [MA:0001359]
HET M #2 Pancreas [MA:0000120]
HET M #6 Sternum [MA:0001331]
HET F #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #1 Tongue [MA:0000347]
HET M #2 Epididymis [MA:0000397]
HET M #6 Tibia [MA:0001361]
HET F #3 Knee joint [MA:0000471]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter