Histopathology data for Gart

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #4 Sternum [MA:0001331] Not applicable 0 focally extensive chronic Sternal dislocation with reparative chondroid hyperplasia ('calus')
HET M #2 Pancreas [MA:0000120] 0 0
HET M #1 Spleen [MA:0000141] 2 0 chronic-active multifocal to coalescing
HET F #4 Spleen [MA:0000141] 0 0
HET M #1 Kidney [MA:0000368] 0 0
HET M #1 Sternum [MA:0001331] Not applicable 0 focally extensive chronic Sternal dislocation with reparative chondroid hyperplasia ('calus')
HET F #4 Large intestine [MA:0000333] 0 0
HET F #4 Kidney [MA:0000368] 0 0
HET F #4 Seminal vesicle [MA:0000410] Not applicable
HET M #1 Seminal vesicle [MA:0000410] 0 0
HET F #4 Epididymis [MA:0000397] Not applicable
HET M #1 Stomach [MA:0000353] 0 0
HET F #4 Stomach [MA:0000353] 0 0
HET M #2 Liver [MA:0000358] 0 0
HET M #1 Epididymis [MA:0000397] 0 0
HET M #2 Testis [MA:0000411] 0 0
HET M #2 Mammary gland [MA:0000145] Not applicable
HET F #4 Ovary [MA:0000384] 0 0
HET F #4 Adrenal gland [MA:0000116] Not applicable 0 localized Accessory (extracapsular) adrenal gland
HET F #3 Spinal cord [MA:0000216] 0 0
HET M #1 Adrenal gland [MA:0000116] 0 0
HET M #2 Thymus [MA:0000142] 0 0
HET M #1 Ovary [MA:0000384] Not applicable
HET F #3 Femur [MA:0001359] 0 0
HET F #4 Tongue [MA:0000347] 0 0
HET F #3 Liver [MA:0000358] 0 0
HET F #4 Ear [MA:0000236] 0 0
HET M #1 Femur [MA:0001359] 0 0
HET M #1 Lung [MA:0000415] 0 0
HET M #1 Brain [MA:0000168] 0 0
HET F #4 Heart [MA:0000072] 0 0
HET M #1 Uterus [MA:0000389] Not applicable
HET M #1 Prostate gland [MA:0000404] 0 0
HET M #1 Urinary bladder [MA:0000380] 0 0
HET F #3 Spleen [MA:0000141] 0 0
HET M #2 Femur [MA:0001359] 0 0
HET M #1 Bone marrow [MA:0000134] 0 0
HET F #3 Large intestine [MA:0000333] 0 0
HET F #4 Bone marrow [MA:0000134] 0 0
HET F #3 Testis [MA:0000411] Not applicable
HET M #2 Trachea [MA:0000441] 0 0
HET F #4 Esophagus [MA:0000352] 0 0
HET M #1 Esophagus [MA:0000352] 0 0
HET M #2 Spinal cord [MA:0000216] 0 0
HET F #3 Adrenal gland [MA:0000116] 0 0
HET F #4 Lymph node [MA:0000139] 0 0
HET F #3 Seminal vesicle [MA:0000410] Not applicable
HET F #3 Kidney [MA:0000368] 0 0
HET M #1 Nasal cavity [MA:0000284] 0 0
HET F #4 Sciatic nerve [MA:0001172] 0 0
HET F #3 Ovary [MA:0000384] 0 0
HET M #2 Tooth [MA:0000348] 0 0
HET M #1 Sciatic nerve [MA:0001172] 0 0
HET F #3 Tongue [MA:0000347] 0 0
HET F #3 Brain [MA:0000168] 0 0
HET F #3 Optic II nerve [MA:0001097] 0 0
HET M #1 Ear [MA:0000236] 0 0
HET M #1 Heart [MA:0000072] 0 0
HET F #4 Brain [MA:0000168] 0 0
HET M #1 Liver [MA:0000358] 0 0
HET F #3 Uterus [MA:0000389] 0 0
HET F #4 Small intestine [MA:0000337] 0 0
HET F #4 Salivary gland [MA:0000346] 0 0
HET F #3 Urinary bladder [MA:0000380] 0 0
HET M #2 Nasal cavity [MA:0000284] 0 0
HET M #2 Stomach [MA:0000353] 0 0
HET F #3 Prostate gland [MA:0000404] Not applicable
HET F #4 Uterus [MA:0000389] 0 0
HET M #1 Large intestine [MA:0000333] 0 0
HET F #4 Testis [MA:0000411] Not applicable
HET F #3 Small intestine [MA:0000337] 0 0
HET F #4 Urinary bladder [MA:0000380] 0 0
HET F #3 Salivary gland [MA:0000346] 0 0
HET F #4 Prostate gland [MA:0000404] Not applicable
HET M #2 Prostate gland [MA:0000404] 0 0
HET M #2 Lung [MA:0000415] 0 0
HET M #2 Ear [MA:0000236] 0 0
HET M #2 Heart [MA:0000072] 0 1 0 0 focally extensive chronic Right ventricular epicardial fibrosis, focal
HET M #2 Brain [MA:0000168] 0 0
HET F #3 Nasal cavity [MA:0000284] 0 0
HET F #3 Trachea [MA:0000441] 0 0
HET M #2 Uterus [MA:0000389] Not applicable
HET M #2 Large intestine [MA:0000333] 0 0
HET F #3 Skeletal muscle [MA:0003148] 0 0
HET F #3 Lymph node [MA:0000139] 0 0
HET F #3 Esophagus [MA:0000352] 0 0
HET F #4 Optic II nerve [MA:0001097] 0 0
HET M #1 Pancreas [MA:0000120] 0 0
HET M #1 Optic II nerve [MA:0001097] 0 0
HET F #4 Pancreas [MA:0000120] 0 0
HET M #2 Spleen [MA:0000141] 0 0
HET F #3 Skin [MA:0000151] 0 0
HET F #3 Sciatic nerve [MA:0001172] 0 0
HET F #3 Bone marrow [MA:0000134] 0 0
HET F #3 Eye [MA:0000261] 0 0
HET F #3 Heart [MA:0000072] 0 0
HET F #3 Ear [MA:0000236] 0 0
HET M #2 Bone marrow [MA:0000134] 0 0
HET F #3 Thyroid 0 0
HET F #4 Liver [MA:0000358] 0 0
HET M #2 Sternum [MA:0001331] Not applicable 0 chronic focally extensive Sternal dislocation with reparative chondroid hyperplasia ('calus')
HET M #2 Seminal vesicle [MA:0000410] 0 0
HET F #3 Gall bladder [MA:0000356] 0 0
HET M #1 Trachea [MA:0000441] 0 0
HET M #1 Mammary gland [MA:0000145] Not applicable
HET F #4 Thyroid 0 0
HET F #4 Gall bladder [MA:0000356] 0 0
HET M #2 Esophagus [MA:0000352] 0 0
HET M #1 Salivary gland [MA:0000346] 0 0
HET M #2 Sciatic nerve [MA:0001172] 0 0
HET M #1 Thymus [MA:0000142] 0 0
HET M #2 Ovary [MA:0000384] Not applicable
HET M #2 Skin [MA:0000151] 0 0
HET M #2 Epididymis [MA:0000397] 0 0
HET M #1 Testis [MA:0000411] 0 0
HET M #1 Small intestine [MA:0000337] 0 0
HET M #2 Eye [MA:0000261] 0 0
HET M #2 Skeletal muscle [MA:0003148] 0 0
HET M #1 Tooth [MA:0000348] 0 0
HET M #2 Gall bladder [MA:0000356] 0 0
HET M #2 Thyroid 0 0
HET F #3 Sternum [MA:0001331] 0 0
HET F #3 Stomach [MA:0000353] 0 0
HET F #4 Spinal cord [MA:0000216] 0 0
HET M #1 Skin [MA:0000151] 0 0
HET M #1 Lymph node [MA:0000139] 0 0
HET M #1 Spinal cord [MA:0000216] 0 0
HET F #4 Skin [MA:0000151] 0 0
HET F #4 Trachea [MA:0000441] 0 0
HET F #4 Skeletal muscle [MA:0003148] 0 0
HET M #1 Skeletal muscle [MA:0003148] 0 0
HET M #2 Salivary gland [MA:0000346] 0 0
HET F #4 Nasal cavity [MA:0000284] 0 0
HET F #4 Femur [MA:0001359] 0 0
HET F #4 Eye [MA:0000261] 0 0
HET M #1 Eye [MA:0000261] 0 0
HET M #2 Urinary bladder [MA:0000380] 0 0
HET M #1 Tongue [MA:0000347] 0 0
HET F #3 Pancreas [MA:0000120] 0 0
HET F #3 Epididymis [MA:0000397] Not applicable
HET M #2 Kidney [MA:0000368] 0 0
HET F #4 Lung [MA:0000415] 0 0
HET F #3 Thymus [MA:0000142] 0 0
HET M #2 Small intestine [MA:0000337] 0 0
HET F #3 Lung [MA:0000415] 0 0
HET F #3 Mammary gland [MA:0000145] 0 0
HET F #4 Mammary gland [MA:0000145] 0 0
HET F #4 Thymus [MA:0000142] 0 0
HET M #1 Gall bladder [MA:0000356] 0 0
HET M #1 Thyroid 0 0
HET F #3 Tooth [MA:0000348] 0 0
HET M #2 Tongue [MA:0000347] 0 0
HET M #2 Adrenal gland [MA:0000116] 0 0
HET M #2 Lymph node [MA:0000139] 0 0
HET M #2 Optic II nerve [MA:0001097] 0 0
HET F #4 Tooth [MA:0000348] 0 0

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter