Histopathology data for Faf2

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #1 Spleen [MA:0000141]
HET M #2 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Kidney [MA:0000368]
HET F #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #4 Testis [MA:0000411]
HET M #4 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #4 Thyroid
HET M #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #2 Esophagus [MA:0000352]
HET M #4 Tongue [MA:0000347]
HET M #2 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Large intestine [MA:0000333]
HET M #2 Tooth [MA:0000348]
HET F #1 Trachea [MA:0000441]
HET F #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #3 Large intestine [MA:0000333]
HET F #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #1 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #3 Tongue [MA:0000347]
HET F #3 Lung [MA:0000415]
HET M #2 Skin [MA:0000151]
HET F #1 Knee joint [MA:0000471]
HET M #4 Kidney [MA:0000368]
HET F #3 Stomach [MA:0000353]
HET M #2 Brain [MA:0000168]
HET M #2 Femur [MA:0001359]
HET F #1 Lymph node [MA:0000139]
HET M #2 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #2 Small intestine [MA:0000337]
HET M #2 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #3 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Eye [MA:0000261]
HET F #3 Pancreas [MA:0000120]
HET F #1 Thyroid
HET M #2 Tibia [MA:0001361]
HET F #1 Bone [MA:0001459]
HET F #3 Eye [MA:0000261]
HET M #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #1 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #4 Stomach [MA:0000353]
HET F #1 Large intestine [MA:0000333]
HET M #4 Ear [MA:0000236]
HET F #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #3 Kidney [MA:0000368]
HET F #1 Tongue [MA:0000347]
HET F #1 Lung [MA:0000415]
HET M #2 Eye [MA:0000261] 1 0 Mild retinal dysplasia
HET M #4 Spleen [MA:0000141]
HET M #2 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Skin [MA:0000151]
HET M #2 Stomach [MA:0000353]
HET F #1 Ovary [MA:0000384]
HET F #3 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Esophagus [MA:0000352]
HET F #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Thymus [MA:0000142]
HET M #2 Epididymis [MA:0000397]
HET F #3 Sternum [MA:0001331]
HET F #1 Uterus [MA:0000389]
HET F #3 Thyroid
HET M #4 Femur [MA:0001359]
HET M #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #1 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Brain [MA:0000168]
HET F #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #1 Liver [MA:0000358] 3 0 Portal vein hypoplasia with arteriolar reduplication and biliary hyperplasia (portosystemic shunt)
HET F #1 Pancreas [MA:0000120]
HET M #2 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #4 Skin [MA:0000151]
HET M #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #2 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Brain [MA:0000168]
HET F #3 Bone [MA:0001459]
HET F #3 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #1 Tooth [MA:0000348]
HET F #3 Knee joint [MA:0000471]
HET M #4 Tibia [MA:0001361]
HET F #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Ear [MA:0000236]
HET F #3 Lymph node [MA:0000139]
HET F #1 Heart [MA:0000072]
HET F #1 Femur [MA:0001359]
HET F #3 Tibia [MA:0001361]
HET F #1 Esophagus [MA:0000352]
HET F #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #2 Testis [MA:0000411] 2 0 Moderate atrophy with germ cell degeneration, exfoliation and multinucleation
HET M #4 Pancreas [MA:0000120]
HET F #3 Small intestine [MA:0000337]
HET F #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #1 Stomach [MA:0000353] 2 0 Moderate regionally extensive chronic neutrophilic gastritis with mucosal epithelial hyalinosis at the limiting ridge
HET M #4 Liver [MA:0000358] 3 0 Portal vein hypoplasia with arteriolar reduplication (portosystemic shunt)
HET M #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #3 Brain [MA:0000168]
HET F #3 Uterus [MA:0000389]
HET F #3 Trachea [MA:0000441]
HET M #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #3 Skin [MA:0000151]
HET M #4 Thymus [MA:0000142]
HET M #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #4 Epididymis [MA:0000397]
HET F #3 Thymus [MA:0000142]
HET F #3 Tooth [MA:0000348]
HET F #3 Ovary [MA:0000384]
HET M #4 Tooth [MA:0000348]
HET M #2 Large intestine [MA:0000333]
HET M #2 Ear [MA:0000236]
HET M #4 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #3 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #4 Lymph node [MA:0000139]
HET F #1 Eye [MA:0000261]
HET F #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Knee joint [MA:0000471]
HET M #4 Trachea [MA:0000441]
HET F #3 Femur [MA:0001359]
HET M #2 Bone [MA:0001459]
HET F #3 Liver [MA:0000358]
HET F #1 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #2 Thymus [MA:0000142]
HET M #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #3 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #4 Bone [MA:0001459]
HET M #2 Knee joint [MA:0000471]
HET M #2 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #2 Thyroid
HET M #2 Lung [MA:0000415]
HET M #2 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Esophagus [MA:0000352]
HET M #2 Tongue [MA:0000347]
HET M #4 Sternum [MA:0001331]
HET M #2 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #2 Lymph node [MA:0000139]
HET F #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #2 Kidney [MA:0000368]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter