Histopathology data for Alas1

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #1 Liver [MA:0000358]
HET M #3 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Small intestine [MA:0000337]
HET M #3 Tibia [MA:0001361]
HET F #1 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #1 Tibia [MA:0001361]
HET F #2 Tooth [MA:0000348]
HET M #3 Thymus [MA:0000142]
HET F #1 Thymus [MA:0000142]
HET M #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #3 Pancreas [MA:0000120]
HET M #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #2 Bone [MA:0001459]
HET F #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Thymus [MA:0000142]
HET F #1 Pancreas [MA:0000120]
HET M #4 Pancreas [MA:0000120]
HET M #4 Femur [MA:0001359]
HET F #2 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, paracortical and follicular lymphoid hyperplasia
HET F #1 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Small intestine [MA:0000337]
HET F #1 Small intestine [MA:0000337]
HET M #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #4 Kidney [MA:0000368]
HET M #3 Thyroid
HET M #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #2 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #2 Tibia [MA:0001361]
HET F #2 Thymus [MA:0000142]
HET F #2 Skin [MA:0000151]
HET M #4 Spleen [MA:0000141]
HET F #1 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Testis [MA:0000411]
HET F #2 Eye [MA:0000261]
HET F #1 Ovary [MA:0000384]
HET M #3 Sternum [MA:0001331]
HET M #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #3 Eye [MA:0000261]
HET F #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #3 Femur [MA:0001359]
HET M #4 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #3 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Bone [MA:0001459]
HET F #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #2 Thyroid
HET F #2 Femur [MA:0001359]
HET F #2 Pancreas [MA:0000120]
HET M #4 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #3 Trachea [MA:0000441]
HET M #4 Tongue [MA:0000347]
HET M #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #3 Stomach [MA:0000353]
HET M #4 Brain [MA:0000168] 1 0 Brain, cerebellum: Mild, focal, acute, hemorrhage
HET M #3 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #1 Large intestine [MA:0000333]
HET M #3 Knee joint [MA:0000471]
HET M #3 Brain [MA:0000168]
HET F #1 Ear [MA:0000236]
HET M #3 Heart [MA:0000072]
HET F #1 Brain [MA:0000168]
HET F #1 Heart [MA:0000072]
HET M #3 Ear [MA:0000236]
HET F #1 Tongue [MA:0000347]
HET M #4 Esophagus [MA:0000352]
HET M #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #4 Skin [MA:0000151]
HET F #1 Lung [MA:0000415]
HET F #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #2 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #3 Lung [MA:0000415]
HET F #1 Uterus [MA:0000389]
HET M #4 Heart [MA:0000072]
HET F #2 Ovary [MA:0000384]
HET F #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #4 Eye [MA:0000261] 1 0 Eye, unilateral: Minimal, multifocal, retinal dysplasia
HET M #3 Esophagus [MA:0000352]
HET M #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #1 Esophagus [MA:0000352]
HET M #3 Skin [MA:0000151]
HET F #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #1 Skin [MA:0000151]
HET M #3 Tongue [MA:0000347]
HET F #2 Sternum [MA:0001331]
HET F #2 Kidney [MA:0000368]
HET M #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #3 Large intestine [MA:0000333]
HET F #2 Lung [MA:0000415]
HET M #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Sternum [MA:0001331]
HET M #3 Spleen [MA:0000141]
HET F #2 Tongue [MA:0000347]
HET F #1 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, paracortical lymphoid hyperplasia
HET F #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #1 Stomach [MA:0000353]
HET F #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET F #1 Trachea [MA:0000441]
HET M #3 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #2 Stomach [MA:0000353]
HET M #4 Large intestine [MA:0000333]
HET M #4 Ear [MA:0000236]
HET M #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #2 Brain [MA:0000168]
HET M #4 Thyroid 1 0 Thyroid: Mild, focal, mononuclear cellular infiltrate
HET M #4 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #1 Thyroid
HET M #3 Bone [MA:0001459]
HET M #4 Epididymis [MA:0000397]
HET F #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #3 Kidney [MA:0000368]
HET M #3 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET F #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #2 Uterus [MA:0000389]
HET F #2 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Sternum [MA:0001331]
HET F #1 Femur [MA:0001359]
HET F #1 Kidney [MA:0000368]
HET F #2 Liver [MA:0000358]
HET F #2 Heart [MA:0000072]
HET F #1 Eye [MA:0000261]
HET F #2 Esophagus [MA:0000352]
HET F #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET M #3 Testis [MA:0000411]
HET F #1 Spleen [MA:0000141] 1 0 Spleen: Extramedullary hematopoiesis, mild increase
HET M #4 Lung [MA:0000415]
HET M #3 Lymph node [MA:0000139] 1 0 Lymph node, mesenteric: Mild, paracortical and follicular lymphoid hyperplasia
HET M #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #3 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #2 Ear [MA:0000236]
HET M #4 Stomach [MA:0000353]
HET M #3 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Large intestine [MA:0000333]
HET M #4 Trachea [MA:0000441]
HET M #3 Salivary gland [MA:0000346]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter