Histopathology data for Sephs2

Score Definitions

Severity Score:

  • 0 = Normal,
  • 1 = Mild (observation barely perceptible and not believed to have clinical significance),
  • 2 = Moderate (observation visible but involves minor proportion of tissue and clinical consequences of observation are most likely subclinical),
  • 3 = Marked (observation clearly visible involves a significant proportion of tissue and is likely to have some clinical manifestations generally expected to be minor),
  • 4 = Severe (observation clearly visible involves a major proportion of tissue and clinical manifestations are likely associated with significant tissue dysfunction or damage)

Significance Score:

  • 0 = Not significant: Interpreted by the histopathologist to be a finding attributable to background strain (e.g. low-incidence hydrocephalus, microphthalmia) or incidental to mutant phenotype (e.g. hair-induced glossitis, focal hyperplasia, mild mononuclear cell infiltrate).
  • 1 = Significant: Interpreted by the histopathologist as a finding not attributable to background strain and not incidental to mutant phenotype.


Zyg Sex Mouse Tissue MPATH Process Term Severity Score Significance Score MPATH Diagnostic PATO Descriptor Free Text Images
HET F #3 Thymus [MA:0000142]
HET M #4 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #1 Stomach [MA:0000353]
HET M #1 Heart [MA:0000072]
HET F #2 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #4 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Knee joint [MA:0000471]
HET M #1 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Trachea [MA:0000441]
HET M #1 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #2 Liver [MA:0000358]
HET F #2 Esophagus [MA:0000352]
HET M #1 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #4 Ear [MA:0000236]
HET F #2 Pancreas [MA:0000120]
HET F #2 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #3 Knee joint [MA:0000471]
HET F #3 Trachea [MA:0000441]
HET F #3 Ear [MA:0000236]
HET F #2 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Pancreas [MA:0000120]
HET F #3 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Prostate gland [MA:0000404]
HET F #2 Femur [MA:0001359]
HET F #3 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Kidney [MA:0000368]
HET M #1 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #3 Uterus [MA:0000389]
HET F #2 Skin [MA:0000151]
HET M #1 Liver [MA:0000358]
HET F #3 Mammary gland [MA:0000145]
HET M #1 Salivary gland [MA:0000346]
HET F #2 Heart [MA:0000072]
HET F #3 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #2 Brain [MA:0000168]
HET F #3 Small intestine [MA:0000337]
HET M #4 Thymus [MA:0000142]
HET M #4 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #1 Large intestine [MA:0000333]
HET F #2 Small intestine [MA:0000337]
HET F #3 Brain [MA:0000168]
HET M #1 Esophagus [MA:0000352]
HET M #1 Femur [MA:0001359]
HET F #2 Uterus [MA:0000389]
HET F #3 Skin [MA:0000151]
HET F #2 Tibia [MA:0001361]
HET F #3 Ovary [MA:0000384]
HET F #3 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Femur [MA:0001359]
HET F #2 Mammary gland [MA:0000145]
HET F #3 Tooth [MA:0000348]
HET M #1 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET M #4 Testis [MA:0000411]
HET M #4 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Thyroid
HET F #2 Tongue [MA:0000347]
HET F #2 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Tongue [MA:0000347]
HET F #3 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #4 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #4 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #1 Gall bladder [MA:0000356]
HET M #1 Eye [MA:0000261]
HET F #3 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #3 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Tibia [MA:0001361]
HET F #2 Thymus [MA:0000142]
HET F #3 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #2 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #1 Testis [MA:0000411]
HET F #2 Thyroid
HET M #4 Bone [MA:0001459]
HET M #1 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET F #2 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #1 Tooth [MA:0000348]
HET M #4 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #4 Esophagus [MA:0000352]
HET F #2 Lymph node [MA:0000139]
HET M #1 Bone marrow [MA:0000134]
HET F #2 Bone [MA:0001459]
HET F #2 Kidney [MA:0000368]
HET M #4 Sternum [MA:0001331]
HET M #4 Nasal cavity [MA:0000284]
HET M #4 Stomach [MA:0000353]
HET F #2 Bone marrow [MA:0000134]
HET M #1 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET M #4 Heart [MA:0000072]
HET M #1 Lymph node [MA:0000139]
HET M #4 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #2 Sternum [MA:0001331]
HET F #2 Trachea [MA:0000441]
HET F #3 Trigeminal V ganglion [MA:0001080]
HET F #2 Skeletal muscle [MA:0003148]
HET F #3 Stomach [MA:0000353]
HET F #3 Heart [MA:0000072]
HET M #4 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #4 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #1 Thymus [MA:0000142]
HET F #3 Spinal cord [MA:0000216]
HET F #2 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #3 Large intestine [MA:0000333]
HET F #2 Ovary [MA:0000384]
HET M #4 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #1 Spleen [MA:0000141]
HET F #3 Lung [MA:0000415]
HET F #3 Liver [MA:0000358]
HET M #4 Pancreas [MA:0000120]
HET F #3 Urinary bladder [MA:0000380]
HET M #1 Sternum [MA:0001331]
HET F #2 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #1 Tibia [MA:0001361]
HET M #4 Epididymis [MA:0000397]
HET M #4 Eye [MA:0000261]
HET F #2 Ear [MA:0000236]
HET M #1 Adrenal gland [MA:0000116]
HET F #3 Pancreas [MA:0000120]
HET F #3 Eye [MA:0000261]
HET M #4 Tooth [MA:0000348]
HET F #2 Spleen [MA:0000141]
HET M #4 Brain [MA:0000168]
HET M #1 Small intestine [MA:0000337]
HET F #2 Eye [MA:0000261]
HET M #1 Tongue [MA:0000347]
HET M #1 Brain [MA:0000168]
HET F #2 Large intestine [MA:0000333]
HET M #4 Small intestine [MA:0000337]
HET F #3 Gall bladder [MA:0000356]
HET F #3 Thyroid
HET M #1 Lung [MA:0000415]
HET M #4 Skin [MA:0000151]
HET M #1 Thyroid
HET F #3 Tongue [MA:0000347]
HET M #4 Large intestine [MA:0000333]
HET F #3 Adrenal gland [MA:0000116]
HET M #4 Sciatic nerve [MA:0001172]
HET F #3 Kidney [MA:0000368]
HET M #1 Skin [MA:0000151]
HET M #4 Spleen [MA:0000141]
HET F #3 Esophagus [MA:0000352]
HET M #1 Bone [MA:0001459]
HET F #2 Stomach [MA:0000353]
HET F #3 Sternum [MA:0001331]
HET F #3 Bone [MA:0001459]
HET M #1 Prostate gland [MA:0000404]
HET M #1 Spinal cord [MA:0000216]
HET M #4 Femur [MA:0001359]
HET F #3 Nasal cavity [MA:0000284]
HET F #2 Brown adipose tissue [MA:0000057]
HET M #1 Trachea [MA:0000441]
HET M #1 Seminal vesicle [MA:0000410]
HET M #4 Salivary gland [MA:0000346]
HET M #1 Kidney [MA:0000368]
HET M #1 Knee joint [MA:0000471]
HET F #2 Sciatic nerve [MA:0001172]

Associated histopathology images

The IMPC Newsletter

Get highlights of the most important data releases, news and events, delivered straight to your email inbox

Subscribe to newsletter